Recebeu a tonsura em 1811 e, a fins do ano seguinte, foi estudar filosofia no seminário menor do Verrieres. Não se destacou nos estudos; mas trabalhou com tal humildade e firmeza, que em 1813, passou ao seminário maior de Lião. Não podia ser admitido ao sacerdócio pelas dificuldades que apresentava no estudo. Finalmente, logo depois de muito perseverar, em 2 de julho de 1814, João Maria recebeu as ordens menores e o subdiaconado e voltou para Ecully a prosseguir seus estudos. Em junho de 1815 (cinco dias depois da batalha de Waterloo), recebeu o diaconado e, em 12 de agosto, foi ordenado sacerdote. No dia seguinte rezou sua primeira missa e foi nomeado vigário do Pe. Balley.
O vigário geral de Lião havia dito na ordenação de João Maria: "A Igreja não necessita só sacerdotes sábios, mas também sacerdotes Santos". Com efeito, João Maria sabia o que um sacerdote devia saber, embora não o tivesse aprendido nos livros. Por exemplo, no toca à teologia moral, o Pe. Bouchard lhe tinha examinado a fundo sobre "casos" difíceis e o santo tinha respondido acertadamente, apoiando-se no senso comum, mas o senso comum de um santo.
Em 1818, foi nomeado padre de Ars-en-Dombes, uma remota aldeia de 230 almas.
O Pe. Vianney decidiu empreender a fundo a reconversão de Ars. Para isso se valeu do trato pessoal com os habitantes, da direção espiritual no confessionário e da pregação. Lutou contra a blasfêmia, a mundanidade e a obcenidade. Em 1821, o território de Ars foi transformado em paróquia sufragânea e, em 1823, passou a formar parte da nova diocese de Belley. A medida em que o povo se convertia lentamente à vida cristã, o Padre de Ars era objeto de uma verdadeira perseguição por parte do demônio. Em toda a hagiologia não existe um só caso em que a ação do demônio tenha sido tão longa (durou mais de 30 anos), violenta e variada. Os fenômenos foram desde ruídos e vozes até os ataques pessoais. Mas o Pe. Vianney tomava a ação do demônio com tal naturalidade, que parecia considerá-la como parte normal da jornada.
Outro dos fatos extraordinários é que Ars se converteu em um lugar de peregrinação em vida do santo. Desde 1827, começaram a ir a Ars os peregrinos do exterior. Entre 1830 e 1845 houve uma média de 300 peregrinos por dia. O Pe. Vianney tinha que passar 16 horas ao dia no confessionário. Atribuía as curas que obrava à intercessão da Santa Filomena. Foi canonizado pelo Papa Pio XI em 1925 e, em 1929, foi proclamado o principal patrono do clero paroquial.
